Podstawą jego funkcjonowania są dwie unijne dyrektywy - Dyrektywa 2009/147/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa (zwana dyrektywą ptasią) oraz Dyrektywa 92/43/EWG Rady z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory (zwana dyrektywą siedliskową). W myśl dyrektywy ptasiej oraz dyrektywy siedliskowej każdy kraj członkowski Unii Europejskiej ma obowiązek zapewnić siedliskom przyrodniczym i gatunkom roślin
i zwierząt, o których mowa w tych dyrektywach, warunki sprzyjające ochronie lub zadbać
o odtworzenie ich dobrego (właściwego) stanu, m.in. poprzez wyznaczenie obszarów specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalnych obszarów ochrony siedlisk (SOO).

Na terenie Nadleśnictwa Przedbórz  wyznaczone są 4 obszary Natura 2000 będące Obszarami Zainteresowania Wspólnoty (OZW).

OZW PLH 260004 "Ostoja Przedborska"

Powierzchnia OZW wynosi 11 605,21 ha, z tego, w obszarze terytorialnym Nadleśnictwa znajduje się 5459,60 ha. Powierzchnia gruntów nadleśnictwa połozonych na tym obszarze wynosi 2 505,88 ha. Obszar obejmuje fragment Przedborskiego Parku Krajobrazowego. Zachodnią część obszaru stanowi zbocze Pasma Przedborsko - Małogoskiego. Sieć rzeczna jest stosunkowo bogata stanowią ją liczne dopływy Czarnej Włoszczowskiej. Zachowały się tu duże fragmenty naturalnych drzewostanów. Dominują bory sosnowe, lecz pozostały też naturalne płaty grądów, buczyn i dąbrów. Na zboczach wzgórz rozwijają się murawy kserotermiczne, a w dolinach torfowiska. Najbardziej rozległym i najcenniejszym jest Piskorzeniec.

Ostoja obejmuje największy na Wyżynie Małopolskiej obszar porośnięty lasami nadrzecznymi, z silnie zróżnicowanymi drzewostanami. Szczególną wartość mają dobrze wykształcone i zachowane kompleksy wilgotnych i podmokłych łąk oraz torfowisk. Obszar
o wysokiej bioróżnorodności - stwierdzono tu występowanie 13 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Ochronie podlega tu duże bogactwo flory (900 gatunków roślin naczyniowych, z licznymi rzadkimi i zagrożonymi w Polsce lub regionie oraz prawnie chronionymi) i fauny, zwłaszcza charakterystycznej dla siedlisk wilgotnych. Wśród nich jest 10 gatunków roślin i  zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG.

W zasięgu Ostoi Przedborskiej położone są trzy rezerwaty przyrody: Bukowa Góra, Czarna Rózga oraz Piskorzeniec.

OZW PLH 100008 "Dolina Środkowej Pilicy"

Powierzchnia OZW wynosi 3 787,43 ha, z tego powierzchnia gruntów nadleśnictwa położonych na tym obszarze wynosi 408,95 ha. Obszar obejmuje 40-sto kilometrowy odcinek środkowej Pilicy, położony jest w większości w regionie Doliny Sulejowskiej, pomiędzy Wzgórzami Radomszczańskimi, Równiną Piotrkowską i Wzgórzami Opoczyńskimi. Wody Pilicy są stosunkowo czyste. Rzeka jest nieregulowana, przez co zachowała swój naturalny charakter, występują liczne meandry i starorzecza. Pewne fragmenty obszaru są regularnie zalewane. Łąki kośne i pastwiska pokrywają dużą część powierzchni doliny; znajdują się tu również niewielki płaty torfowisk, trzcinowisk i turzycowisk. Znaczne połacie brzegów rzeki porośnięte są lasami łęgowymi i nadrzecznymi zaroślami wierzbowymi.

W sumie na obszarze stwierdzono występowanie:

• 11 typów siedlisk przyrodniczych z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG (pokrywających ok. 50% obszaru);
• 8  gatunków zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG;
• 7 gatunków umieszczonych w polskich czerwonych listach;
• 19 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Rady 79/409/EWG.

OZW PLH 260018 "Dolina Górnej Pilicy"

Powierzchnia OZW wynosi 11 193,22 ha, z tego powierzchnia gruntów nadleśnictwa położonych na tym obszarze wynosi 33,11 ha. Obszar położony jest w Krainie świętokrzyskiej, w okręgu Włoszczowsko-Jędrzejowskim. Występują tutaj duże,większości naturalne kompleksy leśne (grądy, lasy mieszane świeże i wilgotne oraz w dolinach rzecznych - lasy łęgowe i olsy). Meandrująca rzeka Pilica, której towarzyszą liczne starorzecza, tworzy tu malowniczą dolinę. Wzdłuż koryta ciągną się gęste zarośla wierzbowe oraz lasy nadrzeczne o silnie zróżnicowanych drzewostanach, którym towarzyszą podmokłe łąki, charakteryzujące się dużą różnorodnością biologiczną: bogactwem fauny i flory, zwłaszcza gatunków związanych z siedliskami wilgotnymi. Ostoja obejmuje jeden z większych ciągów ekologicznych zlokalizowanych w naturalnych dolinach rzecznych w kraju.

Dolina Górnej Pilicy należy do najistotniejszych ostoi fauny w Polsce środkowej. Ostoja posiada bogaty zestaw gatunków owadów i innych organizmów wpisanych na czerwoną listę lub wymienianych w załącznikach do konwencji międzynarodowych. W "Dolinie Górnej Pilicy" licznie reprezentowane są przyrodniczo cenne gatunki ptaków.

OZW PLH 260015" Dolina Czarnej"

Powierzchnia OZW wynosi 5 780,60 ha, z tego powierzchnia gruntów nadleśnictwa położonych na tym obszarze wynosi 98,85 ha. Obszar obejmuje dolinę Czarnej Koneckiej (Malenieckiej) od źródeł do ujścia, z kilkoma dopływami i z przylegającymi do niej kompleksami łąk i stawów, oraz lasami. Jest to największy prawobrzeżny dopływ Pilicy. Obszar źródliskowy w całości pokryty lasami, z przewagą borów mieszanych i grądów. Tereny źródliskowe Czarnej zajmują największe na opisywanym obszarze śródleśne torfowiska. W środkowym odcinku dominują bory sosnowe. Łąki i mokradła zajmują niewielkie powierzchnie (niedaleko od koryta) w górnym i znacznie większe w środkowym i dolnym biegu rzeki. Rzeka na przeważającej długości zachowała naturalny charakter koryta i doliny

Obszar charakteryzuje duża różnorodność (16 typów) siedlisk Natura 2000, jakie zachowały się w warunkach ekstensywnego użytkowania. W obszarze występują 3 podtypy lasów łęgowych. Stwierdzono występowanie: łęgów i zarośli wierzbowych, łęgów olszowo-jesionowych oraz olszyn źródliskowych. Odcinek źródłowy ma wyraźne cechy wyżynne natomiast dolna część doliny ma charakter nizinny. Obszar ma również istotne znaczenie dla zachowania oraz uzupełnienia obszarów chroniących interesujące siedliska nieleśne o acydofilnym charakterze. Źródłowy i górny odcinek doliny Czarnej wyróżnia się dużą liczbą dobrze zachowanych torfowisk przejść iłowych oraz łąk trzęślicowych, które są miejsce występowanie wielu cennych i chronionych gatunków roślin naczyniowych. W ostoi stwierdzono występowanie 15 gatunków zwierząt z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej. Ponadto w granicach obszaru stwierdzono 10 gatunków bezkręgowców z Czerwonej Listy.